Se você quiser criptografar um arquivo com o algorimo base64 pode usar o seguinte comando

cat archivo| base64 > cifrado

onde arquivo é o arquivo que deseja criptografar e estimou que o resultante

Para descriptografar um arquivo criptografado com base64 vai usar um comando como

cat cifrado |base64 -d

onde é o algoritmo de criptografia de arquivos codificados com base64

Para saber mais sobre base64